文明6：迭起兴衰作为游戏的首个大型扩展包，引入了多个核心机制变革，其中最具代表性的是时代系统与忠诚度体系。时代系统通过黄金时代与黑暗时代的动态转换重构了游戏节奏，玩家需通过完成特定历史时刻积累时代分数，分数不足将进入生产力减益的黑暗时代，而超额完成则触发黄金时代的全局加成。若从黑暗时代直接跃升至黄金时代，将激活更为强力的英雄时代，该机制迫使玩家在扩张与稳定间寻求平衡。
忠诚度机制彻底改变了城市管理逻辑，每座城市独立计算忠诚值并受邻近城市压力影响。忠诚度过低将引发叛乱甚至独立为自由城市，而高忠诚度可反向渗透敌国领土。总督系统作为配套设计，七名拥有专属技能树的总督需通过市政解锁，其任命能显著提升城市忠诚度与专项产出，例如教育家总督加速科技发展，金融家提升金币收益。总督的有限数量要求玩家在帝国规模与核心城市强化间做出取舍。
资料片新增了8个文明与9位领袖，每个文明均配备独特单位、建筑或改良设施。例如荷兰的七省联盟特性允许河流单元格提供额外 adjacency 加成，格鲁吉亚的团结就是力量使黄金时代期间宗教单位获得战斗力提升。这些设计并非简单数值叠加，而是通过文明特性与新时代机制的化学反应创造差异化体验。同步加入的7个自然奇观与31种改良资源进一步丰富了地图策略层次。
同盟系统被细分为科研、军事、经济等五大类型，每类同盟具备三级成长体系。初级同盟仅提供基础加成，三级同盟则能共享科技研发进度。紧急状况系统取代传统世界议会，当某文明过于强大时，系统会强制触发多文明联合讨伐条约，这种动态制衡机制有效缓解了后期AI强度失衡问题。
