攻占城邦后可以选择保留或摧毁，但摧毁操作需满足特定条件。攻占城邦的瞬间会弹出选项菜单，玩家需在保留摧毁或设为傀儡中做出选择。若选择摧毁，该城邦将从地图上消失，其原有领土变为中立地块，但需注意摧毁行为可能引发外交惩罚，尤其是当其他文明与该城邦关系密切时。
保留城邦可将其转化为普通城市，继承原有基础设施并继续发展，但需承担忠诚度压力；摧毁则能彻底消除潜在威胁，避免城邦被其他文明重新控制。需注意，部分城邦拥有独特加成或战略资源，盲目摧毁可能导致后期资源短缺。若城邦位置关键（如扼守要道或靠近敌方文明），摧毁后需及时部署单位防止敌方趁机扩张。
从游戏机制看，摧毁城邦的操作不可逆。若玩家选择保留但后续希望拆除，需通过城市管理界面手动解散城市，但此操作仅适用于玩家自建城市，对攻占的城邦无效。摧毁城邦不会直接影响胜利条件，但可能削弱文化或宗教胜利的进度，尤其是当城邦提供相关伟人点数或信仰加成时。
军事策略上，摧毁城邦更适合速攻战术。若玩家以征服胜利为目标，快速摧毁边缘城邦可减少多线作战压力；若追求长期发展，保留并利用城邦的加成更为合理。需注意，城邦被摧毁后，其原有任务和使者奖励将永久失效，可能影响玩家与剩余城邦的外交关系。
