完成梦中梦任务后，接下来最核心的主线任务是第二梦。这个任务会正式解锁游戏的核心系统——指挥官系统，并开启一系列新的故事线与游戏内容，同时这也是通往后续内战、牺牲等重大剧情的必经之路。
在完成梦中梦你需要回到飞船上的资料库，在系列任务栏目中找到并激活名为第二梦的任务。但直接激活可能会遇到条件不足的情况，因为它有一系列严格的前置要求。你需要确保已经解锁并完成了海王星的枢纽接合点，这是最基础的入门条件。在此之前，主线任务被偷走的梦和Natah也必须全部完成，这些剧情任务会逐步揭示Sentient的威胁，为第二梦的故事做好铺垫。
第二梦任务本身流程较为复杂，它并非简单的清剿地图任务。任务开始后会要求你入侵Grineer的资料库，这个阶段一旦失败就会直接导致任务终止。你需要前往天王星的Cressida节点，在一片水域中寻找Sentient碎片，这个碎片不会立刻标记出来，需要你自行探索，超过一段时间后系统才会给出提示。触碰到碎片后会触发关键剧情，揭示储梦池的位置。Hunhow会知晓你的行动，并派出Stalker开始对你进行追击，任务中的战斗强度会显著提升。
你会遇到被电弧保护的面板，需要击碎特定的蓝色晶体来解锁通道。这个阶段会出现强力的Sentient敌人，他们的抗性机制对战斗提出了更高要求，因此建议使用输出能力强的战甲和武器配置来应对。整个任务过程会穿插剧情动画，逐步揭示Tenno与Warframe的起源秘密，并最终与你的指挥官面对面。
成功完成第二梦任务后，你将永久解锁指挥官系统，可以在战斗中按特定键位切换出指挥官形态，使用独特的虚空能量进行攻击和辅助。你的游戏体验将进入一个全新阶段，指挥官的能力成长、专精学派的选择会成为后期玩法的重要组成部分。在剧情上，这直接引向了月球的重现、心智者的深入威胁以及后续的内战任务。月球被拖回现实，游戏中的虚空区域也被新的裂隙系统所替代，这会改变虚空任务的玩法。
