研究协议位于游戏主界面研究功能模块中，每日提供5次签署机会，玩家需选择合作企业与研究方向以激活协议。该功能是解锁舰船蓝图、技术点及资源加成的核心途径，需通过战略规划优化使用效率。在游戏主界面底部导航栏点击研究按钮，进入次级菜单后选择研究协议即可打开操作面板。界面会显示当前可签署的协议次数、合作企业列表及研究方向选项。签署协议需消耗游戏内基础资源或特殊货币，但具体消耗类型随赛季机制动态调整。
研究协议分为通用协议和定向协议两类。通用协议随机提供蓝图或技术点奖励，而定向协议允许玩家选择特定企业（如木星工业、安东尼奥斯）和武器类型（直射/投射武器），以锁定更高概率的目标舰船。热门路线包括木星工业的战机护航艇路线（产出孢子战斗机）和安东尼奥斯的火力出众路线（产出星云脉冲舰）。
由于每日签署次数有限，玩家需优先匹配当前舰队需求。若以舰船强化为目标，建议集中资源投入单一企业路线；若追求技术点均衡发展，可分散签署不同协议。部分高阶协议需解锁基地等级或完成前置任务，因此需提前规划基建升级顺序。关于协议优先级存在不同观点：部分玩家主张优先获取超主力舰蓝图（如卡利斯托重型鱼雷舰），因其后期统治力强；另一派则认为前期应专注通用协议积累技术点，以快速形成战斗力。定向协议的保底机制是否值得投入也存在讨论，因其需消耗大量资源但结果存在随机性。
