模块装配是无尽的拉格朗日中提升战舰性能的核心机制，每艘战舰拥有特定数量的模块插槽，需根据战舰类型和战术需求选择武器、防御或特殊模块。武器模块分为短程与远程火力，直接影响输出能力；防御模块通过护盾和护甲提升生存率；特殊模块则提供资源增益、战术技能等辅助功能。装配操作需进入战舰详情界面的模块选项，点击空白插槽后从模块库筛选适配方案，模块可通过资源生产或贸易获取，后期需根据战场形势动态调整组合。
CV3000等主力舰的模块选择需兼顾功能性与性价比，例如其初始版本可搭载5架大型/中型战机和3艘护航艇，生存能力优秀且造价低廉。若获得综合搭载平台、大型舰载机系统等进阶模块，载机量可提升至8架战机或6艘护航艇，显著增强作战灵活性。防御型模块如防卫重装或电磁装甲能提供250点基础护甲，通过技术值加点可进一步提升至500点以上，但需注意护甲收益存在阈值，过度投入技术值可能造成浪费。
模块装配需遵循战舰定位与舰队协同原则。战列巡洋舰ST59作为高损耗单位，优先选择综合投射平台模块强化扛伤能力，而非舰载机模块。其防卫重装模块初始提供250点护甲，技术值加点建议控制在500护甲左右，以平衡资源消耗与实战收益。特殊模块中的加密通信技术可应用于中立协议任务，通过私人掠夺者哨所获取特洛伊水晶等战略物资，此类模块需配合舰队隐蔽行动特性使用。
