要开启七岛之旅，首先你得完成关都地区的八个道馆挑战并成为联盟冠军，然后找大木博士升级图鉴，之后才能从枯叶市的码头乘船出发。整个七岛算是一个大型的支线剧情和探索区域，里面埋藏着不少宝藏、神兽线索和新的挑战，足以让你和你的宝可梦队伍再好好历练一番。这个过程可能会花些时间，但只要你按部就班，每个岛屿的秘密都会向你敞开。
一下船，你就到了一个全新的起点，这里的宝可梦中心旁的研究员会给到你关键信息，他会拜托你帮忙寻找红宝石和蓝宝石。紧接着，你就需要前往灯火山，在入口右边你会碰到两个火箭队队员，打败他们后会发现一个隐藏的洞口，进去就能拿到红宝石。拿到红宝石后记得回去找研究员交差，这样你才能获得前往后面几个岛屿的船票。这个开局任务算是为你后面的冒险热热身，顺便熟悉一下新环境。
之后的旅程会依次解锁多个岛屿，每个岛都有独特的风景和任务。比如在第四个岛屿，你会遇到你的劲敌，还能发现一个可以培育宝可梦蛋的饲养屋。岛屿后面的湖泊藏着一条需要冲浪才能进入的洞穴，在最深处你能拿到非常重要的秘传学习器攀瀑，这可是探索后续区域的关键技能。在这个岛上你还会撞见四天王之一的科拿，她会告诉你她的乘龙被火箭队偷走了，这也就引出了前往第五个岛屿的任务线。这些岛屿之间的剧情是环环相扣的，一件任务做完自然就会引导出下一件。
寻找蓝宝石的任务线是七岛剧情的一个小高潮。你需要从第五个岛屿出发，经过一番探索，最终到达第六个岛屿的一个特定地点，使用居合斩打开一扇门，进入一个名叫点之穴的洞穴迷宫。这个迷宫需要按照上、左、右、下的顺序走才能找到蓝宝石，不过在你拿到手的瞬间，它就会被火箭队抢走，但你也因此得知了火箭队秘密仓库的密码。带着密码回到第五个岛屿的火箭队仓库，击败里面的所有成员，你不仅能夺回蓝宝石，还能彻底瓦解火箭队在七岛的势力，并拿到一些有用的技能机器作为奖励。
