病毒爆发的背景设定为全球性大规模感染事件，两年后的世界已陷入混乱。病毒通过未知途径迅速传播，导致人类变异为狂暴的感染者，社会秩序彻底崩塌。游戏通过主线任务和场景细节逐步揭示病毒扩散的线索，玩家需在开放世界中探索并拼凑事件全貌。病毒爆发初期表现为类似流感的症状，随后感染者出现攻击性行为，最终演变为丧失理智的变异生物。
病毒爆发的核心与军方研究机构NERO密切相关。该组织在灾难前秘密进行生物实验，试图开发增强士兵能力的血清，但实验体失控导致病毒泄漏。游戏内多处废弃实验室和录音文件显示，NERO曾对感染者进行活体实验，甚至试图利用病毒制造生化武器。玩家在执行病毒的使命任务时，需潜入NERO基地窃听研究员对话，获取关键信息。这一过程中需利用草丛隐蔽，用石头引开守卫，并潜入洞穴窃听研究人员的机密讨论。
病毒变异过程在游戏环境中得到充分体现。感染者分为普通暴走者、残暴者、迅击者等不同类型，其行为模式与生理特征均显示病毒持续进化。例如迅击者拥有极快移动速度，能短暂隐身；残暴者则体型巨大且力量惊人。这些变异体通过攻击幸存者进一步传播病毒，而NERO直升机频繁出现的区域往往伴随新变异体诞生，暗示军方仍在暗中推动病毒实验。玩家需注意变异体的弱点，如迅击者畏惧强光，残暴者头部防御薄弱。
游戏后期通过主角迪肯与欧布莱恩的对话揭示病毒真相。NERO高层早已预见到病毒爆发，但未采取有效遏制措施，反而将其视为清除低效社会体系的工具。部分录音证据表明，病毒可通过空气、血液、体液多途径传播，且潜伏期具有欺骗性。玩家在探索切马尔特大学区域时，会发现早期感染者病例报告，显示病毒爆发48小时内感染率已达临界点。这些碎片化叙事元素共同构建出病毒爆发的完整链条。
