挑战屋的关键在于合理搭配阵容和掌握技能释放时机。建议优先选择带有打断和控制技能的忍者，比如井野、卡卡西这类角色，他们的奥义可以干扰敌方关键技能。第一回合尽量用控制技能打断对手的核心输出，比如百机蝎的奥义，否则后续战斗会非常被动。部分关卡需要多次尝试，如果第一回合没达到理想效果，果断重开。
战斗过程中要注意观察敌方行动顺序，合理规划奥义释放。比如第二回合敌方可能会释放高伤害技能，这时候提前用凯或者红豆的奥义打断能大幅降低压力。静音这类治疗忍者也很重要，关键时刻能保住主力输出。如果对面有召唤类角色，比如勘九郎的傀儡，优先清理傀儡减少敌方输出点。
某些关卡对站位有要求，比如雏田的回天能抵挡下方敌人的普攻，合理利用这类机制能减少不必要的伤害。如果遇到高爆发敌人，可以尝试用惠比寿的分身吸收伤害，或者让雷主、火主这类主角利用奥义控场。部分战斗需要赌暴击或连击，如果连续几次都没触发，可以调整阵容再试。最后几关通常难度较高，建议保留关键奥义应对残局。比如自来也的喷火可以在第三回合收割残血，而手鞠的群体目盲能有效限制敌方行动。
